Sarpi gondolkozása vallásról, hitről, egyházról ilyen egyszerűen nem foglalható össze. Sarpi műveinek kiadása Gaetano és Luisa Cozzi gondozásában, kivált a Gondolatok (Pensieri a cura di Gaetano e Luisa Cozzi. Torino, 1976, Einaudi), Gaetano Cozzi hosszú bevezetésével, ráirányította a figyelmet az „államférfi” és a „magánember” gondolkozásának a különbségére, gyakran egyenesen ellentétére; David Wootton, elsősorban az Opere Gaetano és Luisa Cozzi-féle kiadása (Milano-Napoli, 1969, Ricciardi) alapján, Sarpit vallási szempontból közömbösnek, sőt egyenesen ateistának állította, tagadva Lucien Febvre tézisét, aki szerint a XVI. században nem lehetett valódi ateizmus. (David Wootton. Paolo Sarpi Between Renaissance and Enlightenment. Cambridge etc. 1983, Cambridge University Press). Sarpi célja egy „világi társadalom” megteremtése volt, az istenség fogalmától független politikai hatalom megalapozása, ennek érdekében „tetette” magát katolikusnak, hogy végrehajthassa Niccolò Contarini dózse és a patriciátus „giovani”-pártja segítségével az állam szekularizációját. De Sarpi nem volt ateista, sőt hitbélileg közömbös sem, érvel Vittorio Frajese (Sarpi e la tradizione scettica. Studi Storici, 1988, vol. 29, 1029-1050). Paolo Sarpi gondolkozása a XVI. századi szkepticizmus nagy áramába illeszkedik, amint már Gaetano Cozzi megállapította; Epikurosz, Seneca, Pomponazzi, Charron és mindenekelőtt Montaigne hatottak rá. „Montaigne, Sarpi: vagy a Heptaplomeres Bodinja. Analóg reflexív attitűd tükröződik soraikban: és a vallás következésképpen úgy tárgyaltatik, »mint valami társadalmi tény, a tudós távolságtartó hűvösségével leegyszerűsítetten a terminusaiban«”, idézi Pascale Guaragnella Gaetano Cozzi megállapítását a Pensieri bevezetéséből (Pascale Guaregnella. La prosa e il mondo. „Avvisi” del moderno in Sarpi, Galilei e la nuova scienza. Bari, 1986, Adriatica Editrice, 31). „Csakhogy épp ennek a megismerő folyamatnak a tükrében – folytatja – a 'szent' és az 'isteni' teljességgel mint valami más, nyugtalanító tárgy helyezkedik el: és ez a másik befészkeli magát az öntudat terébe. Másként kifejezve: a vallás ennek következtében egészében interiorizálódott. És ezért, különös paradoxonképpen, a pirronizmus, a szkepticizmus egy 'aggódó intenzitású' és 'transzcendens feszültségű' vallásos érzéssel kereszteződtek.” (Uo. 32.) Nem volt tehát „képmutató” Sarpi és nem „tetette” a vallásosságot. Ám az apostoli Egyházat tekintette modellnek és mércének; ennek evangéliumi kereszténysége volt a másik: az etikai fedezet s ha kell, az „álarc” az állam szekularizációjának nagy tervéhez. Az álarcnak ez az etikája a kulcs Sarpi személyiségének ellentéteihez. „Egyfelől a magánember, aki az emberről, a társadalomról, az Államról meditál, eltekintve a vallás követelményeitől, másfelől a közember, aki az Állam hatalmának közvetlenül Istentől kapott szentségét deklarálja: egyfelől a konzultor, aki a Velencei Köztársaság katolikus ortodoxiáját védi, másfelől a Reformáció híveinek levelezőtársa, aki kifejezi vallásuk iránti csodálatát; egyfelől a vallásos rendjéhez kötött szerzetes, aki misét mond, másfelől a filozófus, aki elutasít mindenféle dogmatizmust s vallási külsőséget. Így Sarpi, az államférfi, bölcsen és lassan megfogadja a Pensieri tanácsát, hogy »nem járhat egyenes úton, aki a sokasággal jár az úton«”, összegez Corrado Pin, Vittorio Frajese könyvéről (Sarpi scettico. Stato e Chiesa tra Cinque e Seicento. Bologna, 1994, Il Mulino) írt recenziójában, Rivista Storica Italiano, 1996, vol. 108, 407-422.

Hasonlóan a koraújkori Európa számos nagy gondolkozójához Montaigne-től és Bodintől Baconon, Descartes-on, Hobbeson, Pascalon át el egészen Locke-ig és Leibnizig Sarpi az Ember, a Természet, a Morál, a Vallás, a Jog, az Állam nagy kérdéseinek átlójában és konfrontációjával kereste az utat – szinte valami európai „taoistaként” – az egyén és közösség gondjainak megoldásához.

Nem volt magányos gondolkozó. A korabeli Velencei Köztársaság Sarpi töprengéseinek éppen megfelelő háttere és ösztönzője volt. S egyúttal az akkori Európa nagy szellemi műhelyeinek egyike. Velence és Padova szellemi centrumaiban, mint Gian Vincenzo Pinelli padovai vagy Andrea Morosini velencei köreiben, ahová Galilei bejáratos volt, jelen volt egész Európa. Rómából, Prágából, Párizsból, Londonból naponként érkeztek a legfrissebb politikai, gazdasági, filozófiai, vallási, tudományos hírek: az élénk beszélgetések és viták, Pinelli kiváló könyvtárára támaszkodva, jólértesültek és szabadok lehettek. „Padovai éveiben Galileinek – írja Vincenzo Ferrone – végülis irigylésreméltó obszervatórium állott rendelkezésére a változások, az újdonságok és a nyugtalanságok felfogására, ahogyan mindazon hitvallások kiegyezését kívánták, amelyek még képesek voltak elhárítani ama szánalomraméltó leszámolást reformáltak és katolikusok között, ami majd a Harmincéves Háború lesz. Az idegenek népes kolóniája, amely Padova utcáit élénkítette, végül első kézből közvetíthette a legközvetlenebb benyomásokat a kontinens bármely szögletében végbemenő politikai és kulturális forrongásokról. Vitatják és sokáig fogják vitatni még, mit és mennyit ismert Galilei Giordano Bruno legfontosabb téziseiből, Campanella radikális politikai-vallási reformizmusának hipotéziseiből, a jezsuita Antonio Possevino műveiből, Kepler, Bacon és annyi más tudós szövegeiből, amelyek új utakat mutattak a kor problémáinak megoldására. És épp ezen az úton kell türelmesen kitartani, ha a történészek saját korában kívánják megismerni Galileit, megszabadítva a mitizációktól és közhelyektől. Sarpi és Galilei kapcsolata e tekintetben jelkép értékű (emblematico). Két ennyire különböző temperamentumú és meggyőződésű személyiség közvetlen szembesítésében kiderültek és ki fognak még derülni a jövőben is érdekes szempontok, amelyek rávilágíthatnak lényeges momentumokra a nagy pisai életében és általában a Seicento itáliai kultúrájában. Amennyire tudjuk, Sarpit Galilei 1600 körül ismerte meg, közös velencei és padovai barátok révén. A szervita rendkívüli elmeéle és tudományos érzékenysége nyomban megnyerte a pisai tudóst, aki elkezdte látogatni, kikérni gyakran a véleményét, és számos csillagászati megfigyelést is végzett vele közösen. Sarpi ekkor már régóta végzett eredményes kutatásokat a medicina, a kémia, az optika és a magnetizmus területén. Az előző években szenvedélyesen művelte az új tudomány minden szektorát érdekes és jellegzetesen avantgárd megfigyeléseket végezve.” Vincenzo Ferrone. Galileo tra Paolo Sarpi e Federico Cesi. Premesse per una ricerca. In: Novità celesti e crisi del sapere. Atti del convegno internazionale di studi Galileiani a cura di P. Galluzzi. Firenze, 1984, Giunti Barbera, 239-253, 240. Újabban, Galilei Padovai Egyetemre történt kinevezésének négyszázadik évfordulóján a kérdéskört egy egész konferencia járta körül; egyebek közt Alberto Tenenti referátumával a Velencei Köztársaságról Galilei korában, Libero Sosioéval Galilei és Sarpi kapcsolatáról, Federico Senecaéval Favaroról: Galileo Galilei e la cultura Veneziana. Atti del convegno di studio promessi nell'ambito delle celebrazioni galileiane indette dall'universita degli studi di Padova (1592-1992). Venezia, 1995, Istituto Veneto di Scienze, Lettere ed Arti. (Szánalmasra fordult könyvbeszerzési viszonyaink a nagyon fontos könyv kézbevételét lehetetlenné tették. Ferrone „Premesse”-jét kíséri, részben az általa kívánt szellemben Pietro Redondi Galileo ereticoja (Torino, 1983, Einaudi), Galileivel Federico Cesi és VIII. Orbán között; talán ezért is támadta meg a könyvet élesen és okosan legelőször éppen Ferrone?