1604-ben és 1605-ben a Tanács fölújított két régi törvényt; az egyik a templomok és kolostorok engedély nélküli építését tiltotta, a másik javak egyházi célra való adományozását vagy kisajátítását. 1605-ben Cammilo Borghese kardinálist választották V. Pál néven pápává, aki gőgös és az Egyház vezető szerepétől megszállott ember volt, s csak az alkalomra várt, hogy korrigálhassa ezt a jogi sérelmet. Így amikor Velencében még ez évben letartóztattak két papot, az egyiket emberölés gyanújával, V. Pál azonnal pápai brevében követelte a két bűnös szabadonbocsájtását s egyúttal a két említett törvény visszavonását. De Velence nem ijedt meg. 1606. januárjában Leonardo Donà -t választották meg dózsénak, aki már egy évvel azelőtt is sikerrel védte Velence jogait a Szentszék ellen, s nem engedtek a pápai zsarolásnak. Pedig nagy volt a veszély, mert a pápát támogatták a beavatkozásra mindig kész spanyol hadak, s könnyen Velencére uszíthatta a Szentatya az ilyesmiben már jólkipróbált dalmát kalózokat is. Ám V. Pál hatásosabbnak vélt eszközhöz nyúlt: 1606. április 17-én kiátkozással fenyegette meg Velencét, ha huszonhat napon belül nem engedelmeskedik. Velence ellenben főteológusa, Paolo Sarpi tanácsára megtiltotta templomaiban a kiátkozó körlevél felolvasását, s a tilalomnak nem engedelmeskedő jezsuitákat, kapucinusokat és teatinusokat kiűzték az állam területéről. A Padovai Egyetem azonnal lelkesen a hazai ügy mellé állt, a Pápai Állam területén fekvő Bologna egyeteme ellenben síkraszállt az egyházi érdekekért, s élénk pamflet-háború robbant ki. Velence már a fenyegető fegyveres összecsapásra is felkészült, de Sarpi ügyes és határozott diplomáciája elhárította feje felől a spanyol és pápai hadak veszélyét. A két fél IV. Henrik francia király Sarpi-sugallta közvetítésével megegyezett: a vétkes papokat kiadták, de elvben fenntartották az állam jogát az egyháziak feletti ítélkezésben, a pápa pedig visszavonta az átkot. A két törvényt ellenben nem vonták vissza, és nem engedték be egyelőre a jezsuitákat sem. Sarpi ellen 1607. október 25-én kishíján végzetes merényletet követtek el, a kortársak szilárd meggyőződése szerint a jezsuiták.