A heves természetű Pálffy nádor az 50-es években egyre inkább szembefordult az udvarral, és Rákóczival épített ki kapcsolatot. Lippay György érsek és párthívei ezért összeesküvéssel vádolták a király előtt. Bár a vád alól tisztázta magát, az udvar mégis bizalmatlan kezelte. Mikor 1651-ben több magyarországi várba német őrséget helyeztek, ez ellen Pálffy hevesen tiltakozott, hogy a Habsburgok annál inkább fontosnak tartották a katonaság idevezénylését.