Bár Rákóczi anyja, Báthori Zsófia elszánt katolikus volt, Ebeni félelme a későbbiek folyamán alaptalanná vált. A kibontakozó Habsburg-ellenes összefogás politikai feltételeit ugyanis az tette lehetővé, hogy 1669-ben Zrínyi Péter megegyezést hozott létre veje, Rákóczi Ferenc és a protestánsok között, aminek lényege az volt, hogy Rákóczi birtokain biztosította a protestánsok szabad vallásgyakorlatát.