Erdélyben a székelyek és a megyék február 21-én Bocskait fejedelemnek választották. A szászok viszont ellene foglaltak állást, és Rudolfnak aránylag erős hadserege volt Erdélyben. Bocskai Gyulaffy Lászlót küldte Erdélybe, hogy az ellenállást megtörje és az országot kormányozza, Gyulaffy azonban könnyelműsége folytán májusban súlyos vereséget szenvedett. Bocskai uralma csak akkor szilárdult meg, amikor 1605 szeptemberében maga ment rendet teremteni. A császári seregek kiszorultak, a medgyesi országgyűlés szeptember 14-én újból fejedelemnek választotta Bocskait, aki Rákóczi Zsigmondot nevezte ki Erdély kormányzójának.