K zameriavaniu Uhorska podľa jednotlivých žúp Mikovíny pristúpil v súvislosti s dielom Mateja Bela Notitia o historickom a geografickom poznaní Uhorska podľa žúp. M. Bel už v začiatkoch získavania informácií považoval za dôležité zozbieranie máp, resp. ich vyhotovenie. Pre túto úlohu hľadal mathematicusa, resp. uhorského šľachtica, ktorý ovláda maďarčinu aj „slovanský jazyk”, aby „neskomolil” názvy obcí, poddanských miest, hradov, miest, vrchov, riek atď., ako to bolo vidieť v tomto období na všetkých mapách Uhorska. Na žiadosť Bela a Mikovínyho panovník 25. októbra 1731 nariadil mapovanie žúp a oslovil miestodržiteľstvo, aby na základe svojej inštrukcie boli župy meračovi vo všetkom nápomocné.

Matej Bel (1684–1749), evanjelický farár, učiteľ, polyhistor V rokoch 1714–19 bol rektorom evanjelického lýcea v Bratislave (OSZK)

Notitia, titulná strana druhého zväzku, 1736 (OSZK)

Uhorský kráľ Karol III. (1711–1740) (Michael Bonbardi és Franz Raimund von Montecuccoli: Commentarii bellici, 1718) (OSZK)

Žiadosť Samuela Mikovínyho panovníkovi o umožnenie zakreslenia Uhorska a opravu chýb v existujúcich mapách, 1731 (MOL)

Nariadenie Karola III. o mapovaní žúp Uhorska (koncept) Viedeň, 25. október 1731 (MOL)

Mikovíny začal v roku 1728 vykonávať astronomické merania. Najskôr v roku 1732 vyhotovil mapu župy Pest-Pilis-Solt slúžiacu ako vzor, ktorú potom doporučil novovymenovanému miestodržiteľovi princovi Františkovi Štefanovi Lotrinskému (1732–1741).

František Štefan Lotrinský, kráľovský miestodržiteľ Uhorska (1732–1741) Martin Engelbrecht, rytina, 1745

Mapa župy Pest-Pilis-Solt, 1732 (HIM HT)

V prvom zväzku Notitie bola v roku 1735 zverejnená prvá medirytinová mapa, mapa Bratislavskej stolice. Od uvedeného roku ako merač Dvorskej komory vykonával Mikovíny zameriavanie stolíc. Počas šiestich letných mesiacov od mája do novembra mal presne zamerať Uhorské kráľovstvo a krajiny patriace k uhorskej korune, vyhotoviť topografické mapy stolíc a v závere prác vyhotoviť všeobecnú mapu, ktorú mal predložiť Dvorskej komore. Na tieto práce bol povinný si prizvať dvoch expektantov z banskoštiavnickej Baníckej školy. Denná mzda Mikovínyho bola stanovená na tri zlaté, z ktorých mal zabezpečiť aj potreby expektantov. V nasledujúcich rokoch sa Mikovíny počas šiestich letných mesiacov venoval mapovaniu Uhorska iba obmedzený čas, nakoľko komora ho poverila aj inými úlohami. Napriek týmto skutočnostiam boli vyhotovené mapy stolíc Zvolen, Turiec, Liptov, Pest-Pilis-Solt, Novohrad, Bars, Nitra a Hont, ktoré boli zverejnené v jednotlivých zväzkoch Notitie (1736–1742).

Mapa Liptovskej stolice, medirytina, 1736 (OSZK)

Mapa Turčianskej stolice, rukopis, 1736 (OSZK)

Mapa Turčianskej stolice, medirytina, 1736 (OSZK)

Mapa Zvolenskej stolice, rukopis, 1736 (OSZK)

Mapa Zvolenskej stolice, medirytina, 1736 (MOL)

Mapa okresu Pešť, rukopis, 1737 (OSZK)

Mapa okresu Pešť, medirytina, 1737 (OSZK)

Mapa okresu Pilis, medirytina, 1737 (MOL)

Mapa Novohradskej stolice, medirytina, 1742 (MOL)

Na základe poverenia miestodržiteľstva zostavil Mikovíny v roku 1739 aj topografickú mapu preddunajskej oblasti za pomoci už vyhotovených máp stolíc a doposiaľ uskutočnených meračských prác,. Mapa sa mala využiť pri organizácii opatrení na ochranu proti šíriacej sa morovej epidémii. Z viacerých zachovaných exemplárov tejto mapy sú na jednotlivých kusoch znázornené miesta výskytu nákazy, hranice karantény a prechody.

Mapa preddunajskej oblasti, 1739 (HIM HT)

Na prelome rokov 1746–1747 sa Mikovíny v záležitosti mapovania Uhorska obrátil na panovníka s novým návrhom pozostávajúcim z dvoch častí („Conditiones”). Podľa jeho svedectva už zmapoval a zakreslil viac ako štvrtinu Uhorska a svoje doterajšie dielo by najradšej začal odznovu. Zároveň by prekontroloval čo bolo hotové a pri výkone prác by postupoval ešte dôslednejšie. V mapovaní chcel pokračovať už v rovine vyhotovovania máp stolíc. Požiadal o zvýšenie dennej mzdy na 5 zlatých a za každú vyhotovenú mapu stolice požadoval 100 zlatých. Mikovíny na svoje mapy chcel získať cisársko- kráľovský patent, nakoľko na dielo Notitia ním dovtedy disponoval iba Matej Bel. Jeho žiadosť na dvore zamietli a zároveň ho vyzvali, aby za pôvodne stanovených podmienok ešte s väčšou usilovnosťou ako doposiaľ pracoval na presnej topografickej mape Uhorska.
Zrejme okolo roku 1740 (po roku 1742) mohol Mikovíny vyhotoviť aj rukopisné mapy žúp Bács-Bodrog, Fejér, Trenčín, Užhorod, ktoré už tlačou nevyšli. Následne po jeho smrti mapy zostali pravdepodobne u Andreasa Erika Fritscha (1715–1778) nakoľko všetky štyri nakreslil Fritsch s dodatkom „ex posthumis”.

Mapa stolice Fejér, rukopis, 1742 (TML)

Andreas Erik Fritsch v roku 1753 skonštruoval mapu Uhorska, pričom použil Mikovínyho merania. Mapa bola uverejnená vo viacerých vydaniach diela Compendium Hungariae geographicum, teda Krátky zemepis Uhorska. V Ratio Educationis bolo spomínané dielo určené pre stredoškolskú výuku zemepisu, čím sa mapa stala známou aj v širších kruhoch.

Mapa Uhorska, Compendium, 1753 (MOL)