Hydrogeografický obraz Uhorska v 18. storočí charakterizujú obrovské záplavové územia a močariská. Hospodársky rozvoj si však vyžadoval urobiť protipovodňové opatrenia, vykonať reguláciu vodných tokov a odvodnenie močarísk, aby sa zabezpečila ochrana obrábanej pôdy, resp. jej rozšírenie, ako aj zabezpečenie splavnosti vodných tokov. Niet divu, že Mikovíny sa ako inžinier-merač Bratislavskej stolice (1726–1735) zaoberal predovšetkým protipovodňovými opatreniami na Žitnom ostrove a pozdĺž rieky Váh. Skontroloval ich násypy, vyhotovil plány rekonštrukcie starých a výstavbu nových násypov a navrhol prekopy na meandroch riek. V roku 1733 vyhotovil plán vodného kanála na Špitálskej ulici v Bratislave.

Socha S. Mikovínyho v Bratislave Autor: František Gibala, 1970

Mapa toku Dunaja v úseku Baka a Ásvány, 1729 (GyEL)

Plán vodného kanála na Špitálskej ulici v Bratislave, 1733 (AMB)

Mikovíny z poverenia magistrátu v Bratislave v roku 1742 skonštruoval mapu toku Dunaja v jeho bratislavskom úseku, nakoľko v prípade zvýšenia násypu novozámockej vetvy Dunaja v uvedenom úseku hrozilo, že Dunaj zmení svoje koryto a následne ohrozí svoje splavovanie. Mikovíny ale uistil magistrát aj miestodržiteľskú radu, že zmena toku neohrozí jeho splavnosť.

Mapa rieky Dunaj pri Bratislave, 1742 (AMB)