Magyarország feltérképezése – Mikoviny szavai szerint – segített annak meghatározásában, hogy „mit lehetne … a jövőben a köz és az egyén javára fordítani és jobbá alakítani, mint amilyen a szántóterületek megnövelése és feljavítása, a vizek lecsapolása, a száraz vidékek öntözése, az árvizek elhárítása .” A vízszabályozási munkálatok, melyekben Mikoviny is részt vett, a 18. század elejétől váltak rendszeressé a Kárpát-medencében. Mikoviny foglalkozott a Duna és a Vág menti területek árvízvédelmével, a Duna pozsonyi szakaszának hajózhatóságával, a karkóc–lipótvári út biztosítása érdekében a Dudvág szabályozásával, a komáromi kamarai uradalomban mocsárlecsapolással.
Utolsó megbízása – melyet a Magyar Kamarától kapott – a Vág Trencsén melletti
szakaszának szabályozására, árvízvédelmére vonatkozott. „Trencsénből való
visszatértében – melynek környékét legfelsőbb utasításra meg kellett
vizsgálnia és keresnie kellett annak útját-módját, hogy miként lehetne a
Vág folyó kiöntéseit és árvizeit a városfalaktól távoltartani –, hatnapos
betegség után … 1750. március 23-án a földi életet az örök élettel
felcserélte.”
Az alsó-magyarországi bányavárosok mérnökeként Mikoviny fontos szerepet játszott a Selmecbánya környéki mesterséges tavak, víztározók, vízgyűjtő és vízvezető árkok kiépítésében, melyek a bányaműveléshez szükséges vízenergiát biztosították .