Podľa slov Mikovínyho mapovanie Uhorska pomohlo pri rozhodovaní, „čo by sa dalo ... v budúcnosti vykonať v prospech verejnosti a osôb a urobiť to lepším, ako je rozšírenie rozlohy ornej pôdy a jej rekultivácia, odvodňovanie územia, zavlažovanie v suchých oblastiach a zamedzenie povodniam.” Už od začiatku 18. storočia sa v Karpatskej kotline práce na regulácii tokov, na ktorých sa osobne zúčastňoval aj Mikovíny, stali pravidelnosťou. Mikovíny sa zaoberal protipovodňovými opatreniami na územiach pozdĺž rieky Dunaj a Váh, splavnosťou Dunaja v jeho bratislavskom úseku, reguláciou Dudváhu v záujme zabezpečenia cesty z Trakovíc do Leopoldova a odvodňovaním močarísk v komorskom panstve Komárno.
Posledné poverenie, ktoré mu v rámci protipovodňových opatrení zadala Uhorská komora, bolo regulovanie Váhu pri Trenčíne. „Po návrate do Trenčína, ktorého okolie na najvyššie nariadenie mal preskúmať a hľadať cestu a spôsob, ako by sa dalo vyliatie a záplavové vody držať v odstupe od mestských hradieb, po šiestich dňoch choroby ... 23. marca 1750 svoj pozemský za večný život zamenil.”
Mikovíny ako merač dolnouhorských banských miest zohral významnú úlohu pri výstavbe umelých jazier, vodných nádrží, zberných a vodovodných jarkov v okolí Banskej Štiavnice, ktoré zabezpečovali vodnú energiu pre baníctvo.