A mohácsi csatavesztés következményeként összeomlott a középkorban meggyökerezett művelődési intézményrendszer, megszűnt az egyik legfontosabb szervezőerő: a budai királyi udvar. Szerepét a létfontosságú művelődésszervezés terén az erdélyi fejedelmek és a királyi Magyarország főnemessége vállalta át. Ezzel párhuzamosan összeomlott a katolikus egyház hierarchiája is, amely egyenesen következett a klérus jelentős képviselőinek halálából, a reformáció térnyeréséből és az ország három részre szakadásából. Az ország középső harmada török kézre került, Erdélyben pedig szekularizálták a püspökség javait. A magyarországi városok néhány évtized alatt protestánsokká váltak, s az ott megtelepedett szerzetesrendeknek nemcsak innen, hanem a hódoltsági és erdélyi területekről is menekülniük kellett. Így a 16. század második felére a katolikus egyház kényszerűségből a viszonylag szűk királyi Magyarország nyugati részére mentette át és alakította újjá az intézményrendszerét. Földrajzi szempontból is kedvező fekvésű szabad királyi városok ekkor kerültek az előtérbe: Pozsony és Nagyszombat fontossága megnövekedett.

1543-ban a magyar városfejlődésben és a 16-17. századi távolsági kereskedelemben meghatározó szerepet betöltő Nagyszombatba menekítették az esztergomi érsekséget és káptalant. A város kereskedelmi és egyházszervezeti jelentősége mellett az oktatásügyben játszott szerepe is kiemelkedőnek bizonyult. Oláh Miklós esztergomi érsek első ténykedései közé tartozott, hogy megállapodás kötött a káptalannal és a városi magisztrátussal 1554-ben, s létrehozta a káptalani-városi iskolát. Az ekkor lefektetett szabályzat értelmében a grammatika elsajátítása után, ami magában foglalta a prozódiát, ortográfiát, etimológiát és a mondattant, a tanulók számára az auktorok magyarázata következett, vagyis Vergilius, Horatius, Ovidius, Terentius, Cicero, Quintilianus, Titus Livius, Sallustius és Caesar műveinek az értelmezése. Az érseki-káptalan iskolát később követte a jezsuita kollégium (1561), majd az érseki helynöki ház (1562) alapítása, s a város valóban a katolikus megújhodás központjává vált a 16. század második felére. Oláh reformálni kívánta az oktatásügyet, ekképpen kivette az iskolát a városi vezetés gondnoksága alól és az egyházi hatóság alá helyezte 1558-ban, amelynek felügyeletét maga az érsek látta el. Így szerette volna kinevelni a hitvitákban helytálló új katolikus papnemzedéket. A latin és görög nyelvtan tanulása illetve szerzők értelmezése mellett, logika és retorika is szerepelt a tanrendben. Reformjának harmadik szakaszában az érsek egyetemmé akarta fejleszteni nagyszombati iskoláját, s szándékának komolyságát jelezte, hogy megnyerte tanárnak az európai hírű Nicasius Ellebodiust.

Ennek a katolikus megújulásnak az útját jelölte ki Tridentben a később nagy szerepet kapott Societas Jesu. Már a kezdeti időszakban a jezsuiták érdeklődésének homlokterébe került a kedvező földrajzi fekvésű Bécs és Prága, s az ott létrehozott kollégiumok mintául szolgáltak a későbbi magyar alapításnak. Az első nagyszombati években nemcsak rendház létesült kollégiummal, hanem minden bizonnyal az Egyetemi Könyvtár alapjai is megteremtődtek. Ennek közvetett bizonyítéka Juan de Vitoria a bécsi jezsuita kollégium rektora Oláh Miklóshoz írott levele, amelyben felsorolta a kollégium alapításához szükséges legfontosabb szempontokat. Három pontban összegezhetjük ennek az instrukciónak a tartalmát, amelyhez a jezsuita rend a későbbiekben is igazította mindenkori stratégiáját a letelepülésben. Vitoria szerint először legkevesebb tizenhárom rendtagra lesz szükségük a letelepedéshez. Másodszor külön templom nélkül nem fognak majd boldogulni, ugyanis az eddigi tapasztalat azt mutatta, hogy idegen templomban a szokásos istentiszteletet nem végezhetik el. Szükségük lesz továbbá egy központi fekvésű házra, amely egy nagyváros esetén különösen fontossá válhat. A házi felszerelés mellett a könyvekről sem szabad elfeledkezni, hiszen az adódó költségeket jelentősen csökkenti, ha megvan a szükséges felszerelés és a könyvtár. Harmadszor a letelepítés módjáról szólt, miképpen lehetne véghezvinni az alapítást. Az esztergomi érsek a szóba jöhető helységként Nagyszombatra vagy Znióváraljára gondolt, sőt nem zárta ki, hogy a letelepítés esetleg mind a két helyen egyszerre is megtörténhetne. A levél végén a bécsi rektor kérte Oláh Miklóst, hogy írja meg Rómába: hány rendtagot kér, s hová, mennyi jövedelemre számíthatnak, s végül mire akarja őket felhasználni, és milyen előírásoknak alávetni. A forrásból képet kaphatunk erről a szerény gyűjteményről. A bécsi rektor megemlítette, hogy Petrus Canisius katekizmusát a sienai származású Petrus Illicinus humanista jogtudós tanította, aki 1551-től volt nagyszombati tanár. Mivel Vitoria szerint esténként mást is oktatott, így nem kizárt, hogy a krakkói és bécsi egyetemek görög nyelvtanára, Aristoteles-, Platón-kommentátorok szerzője megfelelő könyvtárral rendelkezhetett Nagyszombatban is. A már említett Ellebodius gazdag bibliotékája később Mossóczi Zakariás nyitrai püspökhöz került.

A jezsuita rend oktatáspolitikájának fő célja egy egységes nemzetközi iskolarendszer létrehozása volt. Ennek lényege abban foglalható össze, hogy egy olyan központi tananyag, tanterv, osztályszerkezet és oktatási módszer kidolgozását látták kívánatosnak, amelyet majd minden ország jezsuita iskolájában egyformán alkalmazhatnak. Pedagógiai szakértőik 1586-ban készültek el a tervezetükkel, majd több mint egy évtizedes kísérletezés után 1599-ben véglegesítették, s adták közre a következő címmel: "Ratio atque institutio studiorum Societatis Jesu". Két jelentős újítás figyelhető meg az iskola szerkezetének alakításában: egyrészt pontosan meghatározta, kibővítette és megalkotta a gimnázium és a teológiai stúdiumok közötti filozófiai tagozatot, másrészt különválasztotta a gimnáziumot a teológiát és a filozófiát magába foglaló akadémiától. Ebből a tananyagból megrajzolhatjuk az első könyvtár feltételezhető állományát: az előbb felsorolt latin szerzők mellett a 4-5. osztályban elsajátítandó retorika alapjait Cyprianus Suarez kézikönyvéből, poétikát pedig Aristoteles művéből tanulhatták meg. A filozófiai tagozat három éve gyakorlatilag a görög gondolkodó megfelelő munkáinak a tanulmányozását jelentette: logika, fizika és a metafizika. Néha törekedtek arra is, hogy az elavultnak tartott tankönyveket, mint például Joannes Despauterius egyébként közkedveltségnek örvendő latin nyelvtanát, mással helyettesítsék. Annak ellenére, hogy Szántó István csak rövid ideig tanított a nagyszombati kollégiumban, írt egy rövid latin nyelvkönyvet. Azt sajnos nem tudjuk, hogy megjelent-e valamikor nyomtatásban. A költészeti osztályokban pedig Cicero "Epistolae ad familiares" című munkáját használták előszeretettel. Antonio Guise 1561-ben például a Ciceronak tulajdonított "Rhetorica ad Herennium" című könyv alapján tanította a szónoklattant.

Némi huzavona és alkudozás után két évvel később, 1561 májusában Oláh megvásárolta a rendtagok számára kinézett nagyszombati házat. Feltehetően már könyvekről is gondoskodott, hiszen tudta, hogy a ház bebútorozása és az érkező új rendtagok útiköltsége mellett ez lesz a legfontosabb kiadások egyike. A Fugger-család segítségével 1564-re készült el az épület két emelettel. Az anyagi feltételeket a széplaki bencés apátság és a bényi premontrei prépostság biztosította. Ennek az első korszaknak a könyvtárát az eddigi kutatások alapján nagyon szerénynek gondoljuk. Johann Seydel, az akkori nagyszombati rektor szerint nem volt igényes bibliotéka ekkor városban, amely nemcsak a tudományos kutatást, hanem a komolyabb tanulást is megnehezítette. A jezsuiták hiába keresték az oktatáshoz szükséges könyveket a kanonokoknál, akik nem sokra becsülték poros könyveiket. A humanista szemléletű érsek könyvgyűjteménye ugyanakkor jellegénél fogva esett ki az érdeklődésükből. Ráadásul a rendtagok megélhetési gondjaik miatt nemigen vásárolhattak könyveket, így a gyűjtemény kialakítása esetleges volt. Oláh Miklós könyvei később sem hasznosultak a jezsuita kollégium oktatásában, könyvtárából mindössze egy kötetet őriz jelenleg az Egyetemi Könyvtár. Az érsek 1562-es végrendeletében természetesen rendelkezett a nagyszombati házában őrzött könyveiről is, amelyek egy részét az ottani szegény diákokra hagyta. A Ritkaságtárunkban őrzött ősnyomtatvány tartalmazza Oláh tulajdonjegyét, amely mellett szerepel még Szentiványi Ferenc 1620-ból származó tulajdonosi bejegyzése. Talán nem merész állítás, hogy a kötet már 1635 előtt is a jezsuita rend birtokában volt. Ismerve ugyanis azokat a tényeket, hogy Szentiványi többi 1620-ból származó kötete a jezsuitákhoz került még 1632 előtt, illetve előfordult olyan kötet is, amelyet nem katalogizáltak ekkor, s mégis már az ősállományhoz tartozott. Sajnos ezt a feltételezést possessor-bejegyzéssel nem tudjuk alátámasztani.

Összegezve: a szóba jöhető első könyvállomány nagy valószínűséggel a mai is meglévő ősnyomtatványok és a 16. század első évtizedeiben nyomtatott antiquák közül kerülhetett ki. Érdemes kitérni a jezsuitáknak az eretnek könyvekhez való viszonyára is. Ismerünk arra példát, hogy a nagyszombati polgárok Luther és más protestáns szerző műveit vitték el Seidel rektornak, hogy a kollégiumba nyilvánosan elégessék. Ugyanakkor az érseki iskolában Melanchthon nyelvtanát használták 1561-ig, amikor a kollégium rektora figyelmeztette az érseket. A Fugger tulajdonban lévő közeli vöröskői vár könyvtárát is átfésülték ebből a szempontból, ám csak az eretnek könyveket rostálták ki, a nagyszombati állományt nem gyarapították vele. A szép lassan meginduló oktatást egy katasztrófa akasztotta meg, Nagyszombat városa 1567. áprilisában leégett a kollégiummal együtt. Az épület pincéjébe menekített könyvek állítólag mégis megmaradtak. A nagyszombati kollégium a felszámolást nem kerülhette el. A házat visszaadták az érseknek, a felszerelés egy részét a helybeli szegények kapták, de néhány kegytárgyat és könyvet magukkal vittek Bécsbe.

Erdély művelődéspolitikájának meghatározójaként a fejedelmek mindig törekedtek az iskolaügy megnyugtató rendezésére. Az első egyetemalapítást János Zsigmond kísérelte meg, aki neveltetése révén különösen nagy gondot fordított az iskolák fejlesztésére. Főiskolát szeretett volna alapítani gazdag könyvtárral Gyulafehérváron, ahová igyekezett megnyerni az európai hírű tudóst, Petrus Ramust is. Nagy formátumú elképzelését korai halála és Ramus meggyilkolása húzta keresztül. Utóda Báthory István lett, aki már padovai diákként felismerte a katolikus hitvédelemben és hatékony oktatásügyben oly kiemelkedő tevékenységet játszó jezsuita rend fontosságát. Ugyanakkor fejedelemként és lengyel királyként egyaránt harcolni kívánt a keleti ortodoxia, a protestáns hitújítás és az egyre terjeszkedő muzlim vallás ellen.

Így a rend Kárpát-medencei megtelepedésében másodszor az erdélyi fejedelem töltött be meghatározó szerepet, hiszen az ő pártfogása révén alapítottak rendházat Kolozsváron 1579-ben. Önkéntelenül adódott az a lehetőség, hogy a katolikus misszió tervét összekapcsolják az erdélyi oktatásügy fejlesztésével. Az első között rendezték a leendő kollégium anyagi helyzetét, a könyvtár felállítását, a szükséges épületek rendbehozatalát és a tanulók oktatásához szükséges pénzalap létrehozását. A fejedelem előírta a tananyagban, hogy a grammatikán és retorikán kívül filozófiát és teológiát is oktassanak, hogy a később létrehozandó egyetem előfeltételeit megteremthesse. Második kiváltságlevelében ki is tűzte a végső célt: az iskola akadémiává való fejlesztését, s az ezzel együtt járó tudományos fokozatok adományozásának a jogát. Báthory és Antonio Possevino jezsuita atya buzdítására Vilniusból, Rómából és Egerből jezsuiták indultak útra, hogy a kolozsmonostori elhagyott bencés kolostorban megnyithassák iskolájukat. Az intézményüket 1580-ban a kolozsvári Farkas utcába, az egykori apácakolostorba költöztették, s az ugyancsak itt található ferences monostort a rend tagjainak számára foglalták el. A rendkívül bőkezű adományok megtették jótékony hatásukat, míg az induláskor 50, néhány évvel később már 350 diák látogatta az intézményt. A térítő feladat fontosságának megfelelően általában a legjobban képzett oktatókat választották erre a feladatra.

Ellentétben a nagyszombati és turóci könyvtárral, Kolozsváron a kollégium és a könyvtár alapítása és szervezése egyszerre kezdődött. Ennek megfelelően Báthory kötelezettséget vállalt, hogy a szükséges könyvekről gondoskodni fog, illetve az előkészítésben résztvevő rendtagokat megbízta, hogy költségére vásárolják meg a szükséges könyveket. A kollégium funkciójának kettőségéből adódott, hogy a Krakkóban vásárolt könyvek nagyobb részt a hitvédelmet és hittérítést, s nem közvetlenül az oktatást szolgálták. Ugyanis az Erdélybe megérkezett lengyel provinciális Báthory Kristóf erdélyi vajdához szóló felterjesztésében a könyvek hiányára panaszkodott elsősorban, mivel megfelelő szerzők művei nélkül azok tanítása is megnehezült. Nemcsak azok a szerzők hiányoztak, amelyeknek az olvasását a tanrend előírta, hanem a tanárok számára szükséges kötetek is. Az erdélyi fejedelemhez, illetve a rend generálisához intézett levelek azt bizonyítják, hogy minden külföldi és belföldi kapcsolataikat mozgósították az oktatás és a hitvita minél magasabb színvonalú ellátására. Possevino könyvekkel érkezett 1583-as látogatása alkalmával, s így a tervszerű állománygyarapításuk révén néhány év alatt tekintélyes könyvgyűjteménnyé alakult át a kezdetben szerény nagyságú bibliotéka.

Már az első években meghatározó szerep jutott a Rómából érkezett Szántó István jezsuita atyának. Irodalmi érdeklődésének megfelelően intézte a könyvügyeket, legyen az Krakkóból érkező könyvszállítmány elhelyezése vagy a Bibliotheca Vaticana gyarapítása Erdélyből. Az egyre növekvő állomány összetétele hasonló lehetett a nagyszombati és turóci könyvtáréhoz, alapját a középkori eredetű gyulafehérvári és váradi bibliotéka alkothatta. A forrásokból feltételezhetjük, hogy a körülbelül 200 kötetes könyvtár darabjai legfőképpen skolasztikus teológiából, elavult kánonjogi művekből álltak, humán tárgyú könyvek pedig meglehetősen régiek lehettek. Így éppen azok a könyvek hiányozhattak az akkori könyvtárból, amelyek segítségével korszerű oktatásuk hatékonyságát köszönhették a későbbiekben: latin és görög nyelvű klasszikus auktorok modern kiadásai, természettudományos, matematikai és földrajzi szakmunkák újdonságai, s a kortárs történelmi művek. Ugyanis kitűnő és központosított oktatáspolitikájuknak köszönhetően gyakorlatilag egy-két éves késéssel szerezhették meg az Európában kiadott könyvek számukra fontos részét. A beszerzéseket Krakkón keresztül intézték, hiszen az erdélyi kollégium a lengyel rendtartományhoz tartozott, s a földrajzi közelség is ezt tette célszerűvé. Így alakított ki a krakkói és a kolozsvári rendház egymással szoros kapcsolatot. A könyvtár gyarapítását segítette a pápai kincstárból kapott jelentős összeg, illetve Báthoryak, István és Kristóf bőkezű támogatása. Az 1585/1586-os iskolai évben a humán tárgyak oktatása után a teológiai és filozófiai előadások is megkezdődtek, így lehetővé vált a születendő egyetem könyvtárát is továbbfejleszteni.

Ám a kezdeti sikerek után a protestáns rendek 1588-ban kényszerítették Báthory Zsigmond fejedelmet a jezsuiták Erdélyből való kitiltására. Báthory István két évvel azelőtti halálával a jezsuiták a legnagyobb támogatójukat vesztették el, már csak idő kérdése volt, hogy a protestáns erdélyi rendek mikor tudják keresztülvinni kitiltásukat a fejedelemségből. A legkiválóbb alkalom erre az 1588-as medgyesi országgyűlésen adódott. A csaknem teljesen protestáns ország nem nézte jó szemmel befolyásuk, vagyonuk növekedését, s azt követelték a még kiskorú Báthory Zsigmond erdélyi fejedelem mellé kinevezett Giczy János kormányzótól, hogy egyezzenek meg a kitiltásban. A rendek az adó megtagadásával tették világossá eltökéltségüket. A jezsuiták rendkívül gyorsan hagyták el a fejedelemséget az összegyűjtött ingósággal együtt. Nem véletlen, hogy e jelentős vagyon sorsáért aggódó lengyel provinciális kérte a generálist: számoltassa el a menekülő rendtagokat a náluk lévő értékekről.

Ez a történelmi helyzet is lehetővé tette, hogy térben oly távol lévő három könyvtár, mint a znióváraljai, nagyszombati és a kolozsvári, állományából származó néhány kötet hosszú utat tegyen meg. Külön históriája van annak a pár könyvnek, amelyek a kolozsvári jezsuita egyetem könyvtárából kerültek Nagyszombatba. A szakirodalomból ismert öt kötet valószínűsíti azt a feltételezést, hogy a kolozsvári könyvtár egy része, a rend Erdélyből való kiűzése után Nagyszombatban talált helyet. A jelentős értékkel bíró vagyonért versengés indult az osztrák és a lengyel rendtartomány között. Bartholomaeus Viller osztrák provinciális a Znióváralján lassan beinduló kollégium számára, egyebek mellett a könyveket kívánta megszerezni, biztosítva az erdélyi kollégiumok részére a visszaváltás jogát. Ugyanakkor a lengyelek, attól félve, hogy az osztrákok elsikkasztják ezt a vagyont, arra hivatkoztak, hogy az erdélyi misszió és a kolozsvári kollégium a lengyel rendtartományhoz tartozott.

Ebben az időben a kolozsvári könyvtár egy részét Leleszen őrizték, s így történhetett meg, hogy Szántó István jezsuita páter önhatalmúlag a turóci és a vágsellyei rendháznak juttatott belőle köteteket. Az erdélyi jezsuita kollégium könyvtárának megszervezésében feltehetően Szántónak volt a legnagyobb szerepe, kapcsolati révén levelezésben állt a pápai könyvtárral és annak prefektusával is. Ezért talán érthető önkényeskedése, más szóval, ragaszkodása a könyvekhez. Néhány évvel később, 1595-ben a gyulafehérvári országgyűlés érvénytelenítette a medgyesi végzést, s visszaadta a jezsuita rend teljes vagyonát, engedélyezte az iskolák megnyitását. Alfonso Carrillo az erdélyi misszió újjászervezésekor már 1591-től mindent megtett annak érdekében, hogy a széthordott vagyont, köztük a könyveket visszaszerezze. Panaszt emelt Szántó intézkedései miatt, majd kérte az osztrák provinciálist, hogy a Bécsbe, Znióváraljára és Vágsellyére vitt köteteket jutassák vissza. Arra is van példa, hogy a nagy sietség miatt nem kolozsvári provenienciájú könyvek is belekerültek a visszaszolgáltatott anyagba, mert a kolozsvári Akadémiai Könyvtárban ma is őriznek egy kötetet, amely a possessor-bejegyzés tanúsága szerint a turóci jezsuita kollégium tulajdonában volt.

Carrillo a fejedelem gyóntatójaként és teológiai tanácsadójaként élvezte annak teljes bizalmát, így sikerült keresztülvinnie, hogy a gyulafehérvári országgyűlés érvénytelenítse a kitiltást és visszaadja a rend vagyonát, illetve engedélyezze az iskola megnyitását. Carrillo számára az is kedvező változás volt, hogy az erdélyi missziót 1592-től az osztrák rendtartományba osztották át, így legfőképpen a bécsi provinciálissal kellett egyezkednie a könyvek és egyéb ingóságok ügyében. Végül sikerült visszaszereznie az erdélyi könyvtár egy részét, bár nem tudjuk, hogy ez a régi állomány mekkora hányada lehetett, mivel a nagyszombati jezsuita kollégium második korszakából ismerünk olyan köteteket, amelyek eredetileg az erdélyi jezsuiták tulajdonában voltak. Miután a helyzet jogilag is rendeződött, minden akadály elhárulhatott a könyvtár tervszerű és rendszeres gyarapítása elől. Megtörtént a bibliotéka állapotának a felmérése, leltározása és külön prefektust kapott a gyűjtemény. Rómából és Nyugat-Európa más rendházaiból származó könyvadományok révén ismét igényes könyvtár alakult ki Kolozsváron. Az állomány összetétele is megváltozott, mivel az osztrák rendtartománynak köszönhetően Bécs vette át Krakkó közvetítő szerepét, s a német nyomdák termékei váltak meghatározóvá a könyvtárpolcokon. A második virágkort ismét a politika, pontosabban a harcok kiújulása akasztotta meg. A 15 éves háború következtében kiapadt fejedelmi kincstár már nem tudta megfelelő módon támogatni a rendet, ráadásul meglehetősen ellenséges környezetté vált a jezsuiták számára a protestáns többségű Erdély, Báthory Zsigmond politikájának illetve a rossz módszerük következményeként. A forrásokban és a későbbi szakirodalomban bőségesen elemzett 1603-as pusztítás a legújabb kutatások szerint mégsem érintette olyan végzetesen a régi könyvállományt, mint ahogyan hittük.

A királyi Magyarországra való visszatérésre csak 1586-ra sikerült biztosítani a hátteret. Draskovich György kalocsai érsek közbenjárására II. Rudolf király a turóci prépostságot adományozta a jezsuitáknak, amit IV. Béla király alapított a premontrei rend számára 1248-ban. A két földbirtokot jelentő Turóc megyei Znióváralja és a Nyitra megyei Vágsellye megfelelő anyagi háttérnek látszott az újrakezdésre. Már 1585 februárjában felvetődött, hogy a katolikus ügyek előmozdítására új kollégiumot kellene alapítani, amelynek működését a turóci prépostság jövedelme biztosította volna. A javadalmakat azzal a kikötéssel ruházták a rendre, hogy azok hozamából új kollégiumot indíthassanak a magyar fiatalok számára. A jezsuiták ünnepélyes beiktatása ez év nyarán megtörtént Vágsellyén, ahol rezidenciát alakítottak ki. Majd a távolabb fekvő Znióváraljára költöztek, amely már a középkor óta a prépostság központja volt. A rossz fekvés, mostoha és ellenséges környezet miatt a tervbe vett kollégium alapítása és az oktatás beindítása három évig elhúzódott. A félreeső és rendkívül kedvezőtlen adottságokkal rendelkező vidék nem bizonyult megfelelő terepnek az új iskoláztatási rendszer meghonosítására.

A jezsuiták az adományozás évében rezidenciát alapítottak Znióváralján, s néhány év múlva a kollégiumuk megnyitotta a kapuját a katolikus fiatalok előtt. Kezdetben missziós tevékenységet kifejtő jezsuita atyák között találjuk 1589-től Szántót, aki később itt tanított a kollégiumban, s megírta az emlékiratait is. Az erdélyi könyvek, a jezsuita atya tevékenysége és a turóci kollégium között még egy összefüggés sejthető. Az Erdélyből történő kényszerű távozás után Szántó egy rövid ideig Kisvárdán húzta meg magát, majd a kilencvenes években Znióváralján és Bécsben tanított filozófiát a jezsuita kollégiumokban. Ismerjük egy 1600-ban keltezett levelét, amelyben arra kérte a generálist, hogy visszavonulhasson a turóci rendházba. Miután az engedélyt megkapta, nagyszabású irodalmi terveinek, köztük az első katolikus Biblia-fordításnak kívánta szentelni hátralévő életét. Az akkor 60-as éveiben járó idős páter óriási energiával látott neki a maga elé kitűzött feladatoknak. Ám néhány év szorgos munkája után a történelem ismét közbeszólt. Ezúttal Bocskai hajdúi kényszerítették menekülésre, s ahogyan ő fogalmazta: négy évtized irodalmi tevékenysége vált a tűz martalékává, mert mindössze a később kéziratban maradt Korán-cáfolatát tudta kimenekíteni könyvtárából, amelyet Olmützben fejezett be. A magyar jezsuiták első nemzedékéhez tartozó Szántó alapos képzést kapott, ezt bizonyítja a műveiben található hatalmas hivatkozásanyag is. Mély retorikai tudása, idézetei és citátumai meggyőzően mutatják, hogy jártas volt az ókor, a patrisztika és a skolasztika irodalmában. Korán-cáfolata kiváló példa ezeknek az erényeknek az alátámasztására. Szántó Acquaviva generálishoz írt 1598-as levelében említette először, hogy tervezi megírni ezt a művet. Panaszkodott, hogy a rendelkezésére álló latin nyelvű Korán-fordítás nem megbízható, mert a fordítást végzők közül az egyik csak arabul, a másik csak latinul tudott. Nem vált be az a próbálkozása sem, hogy egy kereszténnyé térített törököt vonjon be a szöveg értelmezésébe. A kezdeti kudarcon valamiképpen mégis úrrá lett, mert 1605 előtt ismét dolgozni kezdett ezen a munkáján. Az Egyetemi Könyvtár ősállományában fellelhető volt egy Korán, valószínűleg latin nyelven, amelynek sajnos sem a nyomtatási helyét, sem az idejét nem tudjuk, viszont egészen bizonyos, hogy az ősállományhoz tartozott, mivel Némethi Jakab 1632-es katalógusában szerepelt. Nem kizárt, hogy éppen ennek a könyvnek a segítségével dolgozhatott Szántó a cáfolaton. Végignézve munkájának a hivatkozásait észrevehetjük a hasonlóságot a turóci és a vágsellyei kollégium valamikor meglévő kötetei között. Megtalálhatók egyházatyák (Augustinus, Cyprianus, Eusebius, Johannes Damascensus), bizánci történetíró (Georgius Cedrenus, Johannes Zonaras, Nicetas Choniates), itáliai humanista (Flavius Bondus, Paulus Jovius), antik szerző (Platon, Aristoteles, Sallustius, Plinius), skolasztikus filozófus (Thomas Aquinas, Guilelmus Parisiensis), jezsuita író (Benedictus Pererius, Robertus Bellarminus) Alphonsus Tostatus Szentírás-magyarázó, Guilelmus Lindanus dilingeni tanár, Johannes Leunclavius történetíró munkái. Így nem tartható kizártnak, hogy a turóci és a vágsellyei állományba található kötetek Szántó révén kerültek be a könyvtárakba, s ezekben a kollégiumokban használhatta a munkájához. Ismerve azt a tényt, hogy a szemináriumtól kapott könyvekbe tilos volt jegyzeteket beleírni vagy jeleket rajzolni, nem meglepő, hogy nem találhatunk Szántóra vagy bármelyik jezsuita atyára utaló jegyet a megmaradt kötetekben. Ennek ellenére bátran állíthatjuk, hogy a znióváraljai és vágsellyei könyvtár alkalmas bázis lehetett a Korán-cáfolat megírására.

A rezidencia létesítésének évében (1586) kiadott Ratio studiorum leszögezte, hogy a jezsuiták fegyvertelen katonák könyvek nélkül. Ebben a szellemben történt meg a könyvtár fejlesztése is. A jezsuita kollégiumokban mindig törekedtek arra, hogy az iskola szervezésével párhuzamban a könyvtár ügyét is megoldják. Vagy új könyvtárat alapítottak, vagy régebbi gyűjtemény állományát alakították át az oktatás szempontjából, s igyekeztek külföldi vásárlások vagy adományozások révén nagyobb könyvmennyiséghez jutni. A nagyszombati egyetemi könyvtár helyzete még ennél is különlegesebb volt, sokkal hamarabb alakult ki a könyvtárának az alapállománya, mint maga az egyetem. Ugyanakkor a célszerűen fejlesztett könyvtár használatát szigorú szabályokban írták elő. A tiltott könyvek olvasását például részletekbe menően határozták meg: a szóba jöhető köteteket el kellett különíteni őket egy titkos kamrába, ahova csak a rektornak volt lehetősége bemenni. Jó néhány auktor műve került ebbe a sötét helységbe: Catullus, Tibullus, Propertius, Ovidius, Plautus, Terentius és Martialis könyvei. Tiltották azt is, hogy valaki csak kíváncsiságból kutasson a könyvtárban, s nem rá tartozó műveket lapozgasson. Érdemes még felhívni Possevino által a kolozsvári kollégiumi könyvtár számára szerkesztett előírására, amely gondosan szabályozta a diákok könyvtárhasználatát. Tanára engedélye nélkül senki sem tarthatott magánál könyveket, akinek pedig tiltott könyve volt, annak rögtön át kellett adnia a rektornak, s ezután csak az ő engedélyével olvashatta. Érdekes eredményekre vezet, ha megvizsgáljuk a könyvek használatát, és annak formáit. Nem mindegy, hogy valamikori tulajdonosa végig olvasta a könyvét vagy csak belenézett. Az eddigi tapasztalat azt mutatta, hogy gyakori a tartalmi kiemelés és megjegyzés a lapszélen. Néhányszor, főleg neves tulajdonos esetében, találtunk család- vagy a magyar történelemhez kapcsolódó feljegyzéseket. Az eddigi elemzések nem hoztak új eredményeket az olvasmánytörténetben. Inkább negyed- és nyolcadrét köteteket forgattak egykori tulajdonosaik, mint súlyos fóliánsokat. Általában latin klasszikusokból sajátították el a grammatikai ismereteket és főleg a kézikönyvek kategóriájába tartozó művek olvasásánál érvényesültek gyakorlati szempontok. Érdekes megfigyelni a jezsuiták cenzúrázási szokását az állomány néhány kötetében: protestáns szerző vagy szellemi közreműködő (pl. Philipp Melanchthon) nevét áthúzták vagy kivakarták a címlapon. Janus Pannonius híres munkája pajzán epigrammáinak sikamlósabb részeit betintázták illetve Johannes Valerianus: "Hieroglyphica" című művében található ruhátlan alakokat ábrázoló metszeteket retusálták.

A rezidencia időszakából már ismerünk könyvbeszerzéseket. A tankönyvjellegű állományon még kevésbé érződött a tridenti zsinat után kialakult katolikus szellem. Főként a latin klasszikus szerzőkön alapuló grammatikai oktatásnak köszönhetően Cicero, Plinius, Quintilianus, Caesar, Curtius, Vergilius, Sallustius, Valerius Maximus művei alkották a gyűjtemény zömét. Ezeket egészítette ki friss és modern kiadásban egy öt tagból álló, prozódiával és ortográfiával foglalkozó kolligátumos kötet, Aldus Manutius helyesírási munkája, Paulus Manutius olvasókönyve, Marius Nizolius itáliai humanista Cicero-kommentárja, Andreas Rodriquez Eborensis portugál költő szentencia-gyűjteménye és a görög nyelvű antológiák alapkönyvei, kiegészítve Rotterdami Erasmus Adagia-jával és egy kiváló Plutharcus-kiadással. Ezzel párhuzamosan Jacobus de Voragine Legenda Aurea-ja, Kempis Tamás Krisztus követése, Szent Ágoston, Clairvaux-i Szent Bernát, Dionysius Carthusiensis, Angelus de Clavasio egy-egy korai kiadású műve foglalt helyet az akkori könyvtár polcain. Görög nyelvben való jártasságos Plutarchus és Phocylides művein keresztül szerezték meg. Az oktatás során a jezsuita oktatók Alvarez és Suarez tankönyveiben fellelhető humanista grammatika, poétika és retorika elveit érvényesítették, s antik szerzőktől vett példákon át igyekeztek az ismereteket elmélyíteni a tanulókban. Az 1632-es katalógusban négy példányban szerepelt Suarez retorikája, jól mutatja azt a törekvést, hogy igyekeztek folyamatosan beszerezni a legújabb köteteket. Alvarez grammatikájának csak későbbi példányait találjuk a nagyszombati könyvtárkatalógusokban, magyarázat erre az lehetne, hogy gyorsan elhasználódtak a régebben beszerzett példányok. Fontos még kiemelni, hogy itt jelenik meg először a tankönyvhasználat, amely a didaktikus, hatékony tanítást tette lehetővé. Megvizsgálva tüzetesebben a teljes turóci állományt rögtön feltűnik, hogy az első korszakából mennyivel több kötet maradt meg. Elképzelhető, hogy Nagyszombatból 1567-ben Bécsbe menekített könyveket Znióváraljára szállították vissza még 1586-ban, illetve a Kolozsvárról 1588-ban elmenekített könyvtár egy része is ideérkezhetett Leleszen keresztül Szántó közreműködésével. A tulajdonosi bejegyzés hiánya talán a korai időszak rendezetlenségével magyarázható, így nem tudjuk alátámasztani feltételezésünket possessorokkal. Szembeötlő ugyanakkor, hogy az állománynak ezt a részét határozottan kettéválaszthatjuk téma és kiadás szerint. Egyrészt a már említett jezsuita oktatásban oly fontos görög-latin klasszikus auktorok, humanista írók rendkívül modern és filológiai szempontból is kiváló kiadásai mellett a középkori könyvtárak legkedveltebb szerzői sorakoznak 15. század végi vagy 16. század eleji nyomtatványokban. Így nem kizárt, hogy a régebbi kötetek a nagyszombati tűzvészt is átvészelték, s Bécs érintésével kerültek a turóci rezidenciára, vagy magántulajdonból, talán a katolikus klérus hagyatékából származott át a könyvhiánnyal küzdő rendház birtokába, esetleg Szántó hozta magával önhatalmúlag Erdélyből. A frissebb könyvanyagot - több kötet 1582-1589 között jelent meg - a jezsuita atyák pedig már a kollégiumi oktatás minél előbbi megkezdése miatt szerezték be gyorsan Európából. A fenti gondolatmenetet kiegészítve felhívhatjuk a figyelmet arra a furcsa aránytalanságra, ami a turóci korszak hátralevő, kollégiumi időszakát (1589-1599) illeti. Ebből az évtizedből mindössze 14 kötet maradt fenn az utókorra, s ha megnézzük a köteteket, tematikailag mindenképpen visszalépésnek tarthatjuk az előző időszakhoz képest: Baronius előző korszakban beszerzett egyháztörténetének folytatása, a jezsuita rend 1583-as évkönyve, Petrus Canisius, Temesvári Pelbárt és Stanislaus Socolovius teológiai munkája mellett mindössze egy üdítő kivételt találhatunk: Thuróczy János magyar krónikáját Szabó Ferenc nagyszombati polgár adományából.

Telegdi Miklós pécsi püspök a könyveit a nagyszombati jezsuitákra hagyta 1586-ban. Óhatatlanul felvetődik a kérdés, hogy ebből a hagyatékból mennyi került át az ősállományba? Mivel az inventárium címleírásai meglehetősen hiányosak, nem tartalmaznak adatokat a kiadásra vonatkozóan, nehéz, majdnem lehetetlen pontosan azonosítani a kérdéses köteteket. Dümmerth Dezső szerint Aquinói Szent Tamás műve az 1591-es támadás ideje alatt elpusztult, s a vágsellyei kollégium kénytelen volt újból beszerezni. Véleményem szerint nem pusztult el ez a könyv, csak Vágsellyén katalogizálták az 1600-as könyvtárrendezés alkalmával. A beszerzés és a katalogizálás között, mint azt számos példa bizonyítja, sok esetben évek, sőt évtizedek telhettek el. Ez magyarázhatja azt is, hogy három, 1633-ban katalogizált munka egy-egy példánya megtalálható ebben a hagyatéki leltárban és egy kötetben szerepel Telegdi tulajdonosi bejegyzése is. Két ősnyomtatvány közül az egyik tulajdonlásának a bizonyítása rendkívül izgalmas lenne, hiszen a második magyar ősnyomda termékéről, Antoninus Florentinus 1477-ben kiadott művéről van szó. Sajnos a hiányos adatok miatt ez nem lehetséges. Kérdéses további néhány kötet Telegdihez való tartozása is, mindenesetre egy tucat könyv egy-egy gyanús kiadása szerepel az ősállományban, és mellette nem találunk a fenti gondolatmenetet kizáró bejegyzést. Ugyanakkor elgondolkoztató, hogy az első megmaradt kollekció humanista jellege nem köszönhető-e ennek, tudniillik az adományozó éppen a beindítandó oktatás miatt kívánta könyvtárát a nagyszombati jezsuitákra hagyni. Telegdi a végrendeletében megemlékezett az eretnek, protestáns szellemű könyveiről is, amelyeket szintén a jezsuitákra hagyott más teológiai kötetekkel együtt. Így nem véletlen, hogy az egyik egyháztörténeti munkát Privigyei György tótprónai evangélikus lelkész biztosítékul hagyott Znióváralján, mivel kölcsönvette Luther művei német kiadásának 5. és 6. kötetét. Dümmerth feltételezése szerint ez a Luther-kiadás a Telegdi-hagyatékból származhatott a turóci könyvtárba.

Az oktatás 1589 októberében indulhatott meg a turóci kollégiumban, s a provinciális felhívta a generális figyelmét, hogy a rendtagok közé csak magyarországi születésű kerüljön. Így talán nem véletlen, hogy a kinevezendő turóci rektor csak magyar lehetett, mert németet a magyarok nem tűrtek el. Az első rektor Kassai István személyében méltatlannak viszonyult erre a tisztségre, s hamarosan meg kellett tőle válni. A fejlesztést gátló tényezők között lehettek az országgyűlés által megkövetelt adók, a katonák kiállításának kötelezettsége a török elleni háborúra, az 1594-1595-ös portyázások által okozott károk, ami miatt néhány hónapig az oktatásnak is szünetelni kellett. Ráadásul a magyar kamara el akarta venni tőlük a prépostságot, s helyette a szakolcai tizedet kínálta fel. 1592-ben fel is vetődött, hogy az itteni elhagyott ferences kolostorba költöznének át a jezsuita atyák, mert az előző évben egy komoly támadást szenvedett el a kollégium a környékbeli lutheránusoktól, akik fejszével széthasogatva, vízbe dobálták "a legjobb könyvekkel megrakott gazdag könyvtárat". A magyarázat ellenére elgondolkoztató, hogy így is megmaradt a fent elemzett aránytalanság, hiszen 1591 után sem sikerült a könyvtárat továbbfejleszteni és a kollégium megnyitása után beszerzett állománynak csak a töredékét ismerjük. Feltűnő az is, hogy az 1589 után beszerzett kötetek nem kerültek a vágsellyei kollégium könyvtárába, többségük a turóci rezidencián maradt, s néhány kötet a nagyszombati jezsuita könyvtár állományába került át 1632 előtt. Nem kizárt, hogy éppen a tudatos könyvtárépítésből adódóan kerültek az oktatásban oly fontos tankönyvek az éppen soros kollégium bibliotékájába. 1597-től már ismerjük az első könyvtári prefektust, a skót származású Morus Florentinust, ami jól mutatja, hogy milyen fontosnak ítélték a könyvtár ügyét. Így a turóci rezidencián - amely később mint lelkipásztorkodást végző állomás szerepelt - az oktatásban kevésbé használható kötetek maradtak: Antonius Broickwy von Königstein ferences hitszónok és Petrus Canisius Evangélium-kommentárja, a jezsuita rend 1583-as évkönyve, Stanislaus Socolovius lengyel teológus és Temesvári Pelbárt munkája. De ismerünk arra is példát, hogy a könyvtár egy része a környékbeli katolikus polgárok kezébe jutott, hiszen Baronius egyháztörténetének kötetei Znióváraljáról Szentiványi Ferenc nagyszombati polgáron keresztül jutottak vissza a kollégiumba. Az sem elképzelhetetlen, hogy a 17-18. században szerényebb szerepet játszó turóci rezidencia könyvtárában pusztult el az a könyvanyag, amely a kollégiumi évek gyarapodása lehetett.

Az eddig feltárt kötetekkel kapcsolatosan több kérdés is felvetődött. Meglepő, hogy a jezsuita gyakorlathoz képest az első korszak tulajdonosi bejegyzéséből hiányzott a rendház megnevezése. A rend könyvtárosi gyakorlatában mindig a címlapra, ennek hiányában a kiegészítő impresszum és szerzőségi adatokkal együtt a következő lapra került egy mintával: rendház nevével és az összeírás idejével. Dümmerth szerint a hiányzó rendház neve nagy valószínűséggel Turóc (Znióváralja) lehetett. Az eddig előbukkant kötetek közül csak 1589 előtt nyomtatott könyvekben található ez a bejegyzés illetve az írásképe is a 16. századi eredetre utal. Ebben a korszakban csak Nagyszombatban, Kolozsváron és Znióváralján alakult rezidencia és kollégium. Nem kizárt, hogy a Nagyszombatban éppen berendezkedett jezsuiták még nem a fenti módon írták be a tulajdoni jegyüket a kötetekben, ha egyáltalán ellátták possessor-bejegyzéssel, hiszen a mintát először 1578-ban találjuk a rendi forrásokban. Valószínűleg ezekben a korai években arról az egy rendházról lehetett szó, amelyik már működött, így elég volt csak a rend jelölése. Ugyanakkor számos tulajdonosi bejegyzést találtunk a későbbi századból is, ahol nincs pontosan megjelölve a rendház. A jezsuita rend neve mellett szerepelhetett például Magyarország, illetve Erdély vagy csak az évszám. A szűkszavú possessort minden esetben a bizonytalan helyzetnek, illetve a következő letelepítés előkészületének tulajdoníthattunk. Sőt, ismerünk olyan köteteket is, ahol a kollégium alapítása után sem jelölt helyet, hanem csak évszámot, annak ellenére, hogy az iskolában már két éve folyt az oktatás. Természetesen az ellenkezőjére is akadt példa. Az 1586. május 19-én Prága (a turóci rezidencia alapító-oklevele) illetve 1588. december 8-a Medgyes (a kolozsvári kollégium felszámolása) között csekély másfél év, ugyanakkor jelentős távolság volt. Az időbeli kettőség tovább szűkíthető azzal, hogy az alapító-oklevélhez képest még hosszabb időnek kellett eltelnie a kollégium megnyitásáig, a tanítás csak 1589 októberében kezdődhetett meg, ezt a szűk három évet a beköltözés és a felkészülés idejének tekinthetjük. Ugyanakkor az erdélyi fejedelemség közjogi (Speyer, 1570) értelemben is elkülönült a királyi Magyarországtól, így minden zavar nélkül vonatkozhatott a jezsuita elnevezés ez esetben a turóci kollégiumra. A 17. századi köteteknél, a fenti kivételektől eltekintve már a kialakult formával találkozhatunk, akár a pozsonyi, akár a soproni vagy éppen a nagyszombati jezsuiták possessoraival ellátott könyvek kerülnek a kezünkbe.

Egy évtized oktatás után a jezsuiták Bécshez és Pozsonyhoz is közel fekvő Vágsellyére költöztek Znióváraljáról, amely a közlekedési útvonalaktól kissé messzebb és ellenséges környezetben feküdt. Érdemes megjegyezni, hogy a későbbiekben is gondolkodtak a turóci iskola megnyitásán. Talán ez is magyarázhatja, hogy a könyvtár egy része ott maradt. Az 1602-es pestisjárvány ismét felvetette azt a gondolatot, hogy melyik lenne a legalkalmasabb hely az oktatás számára. Vágsellye mellett nemcsak a kedvező földrajzi helyzet szólt, hanem az iskola fenntartásának költségei is biztosítottabbnak tűnt. Missziók szervezésére is alkalmasabb kollégiumba még Ausztriából is jöttek a magyar nyelv tanulása céljából. Nagyszombatban ugyanakkor nem látták szavatolva a rend függetlenségét. Joannes Zanitius indokai közül az eddig felsoroltak mellett kiemelte, hogy a magyarok által lakott vidéken kellene megalapítani a kollégiumot. Az oktatás számára nagyobb könyvtárra volt szükségük, így Forgách Ferenc adománya révén, a turóci állomány egy részével a jezsuiták új bibliotékát alapítottak. A hiányt vásárlás útján igyekeztek pótolni. A könyvtár egy része tehát Znióváralján maradt, s ezeket a köteteket, néhány kivételtől eltekintve a turóci rezidencia őrizte a rend feloszlatásáig, utána került a nagyszombati egyetem, s a többi rendház könyvtárával együtt Budára, majd később Pestre. Carrillo 1599 őszén vállalta el a vágsellyei rendház vezetését, s egy éves tevékenysége alatt új kollégium épült, rendszeresítette az új tanrend, a Ratio Studiorum szerinti magasabb oktatást, és megfelelően képzett papokat szerzett a környékbeli plébániákra. Carrillo a generálisnak írott levelében megemlítette, hogy a kollégium építését a nehézségek ellenére folytatják, illetve Augsburgból és Velencéből könyveket szerzett be, mert már nehezen bírta ki a szükséges felszerelés, köztük a könyvek hiányát. Carrillo-t 1600-ban Claudio Acquaviva generális az osztrák rendtartomány főnőkévé nevezte ki, s utána Dobokay Sándor követte a vágsellyei rektori székben. A következő években a vágsellyei kollégium és a turóci rezidencia pozícióinak erősítése történt meg. A jezsuiták számára a birtokviszonyok kedvezően rendeződtek, a kollégium sikeres volt a környéken, s igyekeztek a fegyelmet is megerősíteni. Vágsellyén biztosítottnak látszott az iskola fenntartásának anyagi feltétele, a kedvezőbb fekvése egyaránt alkalmassá tette a missziók szervezésére, illetve Pozsony és Bécs közelsége miatt a rendszeres kapcsolattartásra. Az 1601-es évkönyv 400 bennlakó tanulóról és 14 rendtagról, köztük Forró Györgyről és Pázmány Péterről tesz említést. A jezsuita iskolarendszer még jó ideig vonzó lesz a környékbeli fiatalok számára, s rendkívül hatékony eszköz a térítésre. Ezt a helyzetet tovább színesítette az 1602-ben alapított Mária kongregáció tevékenysége. Alapító tagjai között megtalálhatjuk több könyvadományozót, mint például Káldy Ferencet, Somolányi Kristófot, akik barátaik részére is nyilvánossá tették könyvtárukat. Értéküket emeli, hogy a tudós társaságokról, városi olvasókörökről keveset tudunk ebből a korszakból, s ezek az adalékok továbbgazdagítják a társasági élet szerves részévé váló olvasást és a művekről való elmélkedést, vitatkozást.

A könyvtár felállítása és valószínűleg katalogizálása 1604-re befejeződött. A kiadott Szentiványi-féle jegyzék 1690-ben regisztrálta azokat a beszerzéseket is, amelyeket 1600-ban vettek számba Vágsellyén. A könyvtár állományában ismét a görög-latin klasszikus művek kerültek előtérbe, csakúgy, mint a turóci korszakban. A görög irodalom nagy száma mindenképpen figyelemre méltó. A legelső beszerzés is egy görög-latin szótár viszonylag friss példánya, amelyet Guilelmus Budaeus francia filológus rendezett sajtó alá. A történetírók (Thukydides, Herodotus, Dionysius Halicarnassensis, Xenophon) illetve filozófusok (Stobaeus, Platon) mellett, egy-egy grammatikai (Aphtonius Sophista) és geometriai (Euclides) munka szerepelt latin fordításban, a korszak legjobb kiadásaiban. Három középkori bizánci szerző (Georgius Cedrenus, Joannes Zonaras, Nicetas Choniates) történeti munkája továbberősítette a görög művek dominanciáját. A három klasszikus latin (Tacitus, Livius, Justinus) és egy görög történetíró (Appianus Alexandrinus) római históriája mellett a humanista történetírás (Flavius Blondus, Johannes Rosinus, Onofrius Panvinius, Paulus Jovius) alapvető műveit találtuk. Ebben a korszakban jelentek meg az állományban a jogtudományi kézikönyvek (Corpus Juris-kiadások), illetve a francia Barnabas Brissonius, Jacobus Cuiacius és az olasz Carolus Sigonius munkái. Bocskai csapatai 1605. elején elérték a Felvidéket, s Pozsony felé közeledtek. A vágsellyei kollégiumban a tanítás abbamaradt, először a tanulók, később pedig már a rendtagok nagyobb része is elmenekült. Tavasszal a hajdúk felgyújtották a kollégium épületét, a jezsuiták ingóságukkal, természetesen a könyvtárral együtt a Dunán Bécsbe menekültek, ám az út során a rakomány egy része a folyóba veszett. Ezután Bécsből különböző kollégiumokba küldték szét a rendtagokat.

Az egy évvel később megkötött bécsi béke kimondta, hogy a rend nem birtokolhat többé javakat az országban. A rövid bécsi tartózkodás után a könyvtár 1607-ben ismét Nagyszombatba került, ám a kollégium megnyitására még nyolc évet kellett várni. Forgách Ferenc esztergomi érsek mellett már ekkor ott tartózkodott állandóan két jezsuita: Pázmány Péter a későbbi esztergomi érsek és Dobokay Sándor a vágsellyei kollégium rektora, akiket a provinciális a turóci prépostság elveszett birtokainak ügyeiért küldött az esztergomi érsek mellé. A bécsi béke pontjainak megerősítésekor (1608) a jezsuita rend számára, jövedelem nélkül maradva lehetetlenné vált, hogy nagyobb számban itt legyenek. Ezzel párhuzamosan már elkezdődött a következő letelepítés előkészítése. Forgách számára Nagyszombat püspöki székhelyként is kiválóan alkalmas lett volna, hiszen az esztergomi érsekség és a káptalan 1543-ban ide, Nagyszombatra menekült. Znióváralja ellen szólt a nehéz megközelíthetőség, Vágsellye ellen pedig a pusztítás és a török közelsége. A kollégiumot 1615-ben nyitották meg, s egy ígéretes fejlődési szakasszal zárult az Egyetemi Könyvtár korai története, amelynek záróaktusaként megalapították a későbbi egyetemet. Forgách, csakúgy, mint a jezsuita rend letelepítésében szerepet játszók közül: Oláh Miklós, Telegdi Miklós nem sokkal élte túl a kollégium alapítását, még az ősszel meghalt.

1618-ra a kollégium 700 tanulóval komoly fejlődésnek indult. Az iskola legnagyobb mentora ekkor már Pázmány Péter, akit két évvel előtte esztergomi érsekké nevezett ki II. Mátyás király. Az 1622-ben összeírt tiszti névsorban találtuk Némethi Jakabot, aki már ekkor a szépen gyarapodó érseki könyvtár rendezésével és a nyomdájával volt megbízva. Ugyanebben az évben Bethlen Gábor erdélyi fejedelem ismét elfoglalta Nagyszombatot, de a kollégiumot megoltalmazta mindenféle veszedelemtől. Pázmány 1624-ben megalapította a nemesi konviktust, s a nagyszombati jezsuitákra bízta az oktatást. Az intézet hamarosan annyira népszerű lett, hogy még a protestáns nemesek is odaküldték a gyermekeiket. Alig egy évtized múlva került sor az egyetem létrehozására, amelyhez II. Ferdinánd hathatós segítségére is szüksége volt, mert VIII. Orbán pápa, mivel az orvosi és a jogi kar hiányzott Nagyszombatban, vonakodott ezt az alapítást támogatni. Az esztergomi érsek elképzelése valósnak bizonyult. Európában működő kétfakultásos jezsuita egyetem típusát kívánta Nagyszombatban létrehozni, teljes képzést adott mind a két karon. Alapstúdiumot a bölcseleti fakultás elvégzése jelentette és utána következhetett a teológiai képzés. Pázmány így a nemesi ifjakat elsősorban arra szerette volna ösztönözni, hogy a filozófiai tagozatot végezzék el, amely a világi pályához elegendő. A bölcsészeti kar három évfolyamos volt. A Ratio Studiorum előírásának megfelelően az első évben logikával, a másodikban fizikával és matematikával, a harmadik esztendőben etikával és metafizikával foglalkoztak. Az egyetemi kiváltságok rendelkeztek a tudományos fokozatok odaítélésének ügyében is, a tanulók másodévben a baccalaureatusi, a harmadévben magiszteri fokozatot nyerhették el.

Nagyszombatban nem alakult új bibliotéka, hanem a vágsellyei könyvtár kötetei kerültek ide rövid bécsi tartózkodás után. A 16. század második felének humanista képzettségű főpapjaként Forgách könyvtárának a sorsa hasonlóképpen izgalmas kérdéseket vet fel, mint a már tárgyalt Telegdié. Az ő könyvjegyzéke sem alkalmas arra, hogy minden kétséget kizáróan eldöntsük: mely könyvek kerülhettek be a nagyszombati jezsuita kollégium könyvtárába. Az ismert egy Leunclavius-kötet kivételével több kérdéses könyvben nem találtunk tulajdonosi bejegyzést. A nagyszombati könyvtár fejlesztéséről Pázmány Péter maga is gondoskodott. Könyvtárát a pozsonyi jezsuita kollégiumra hagyta, valószínűleg kötetei, possessor-bejegyzés nélkül beolvadtak az iskola bibliotékájába. Az előző korszakok (az első nagyszombati és vágsellyei alig fél évtized, a turóci alig több mint egy évtized) után végre huzamosabb ideig - húsz évig - fejlődhetett az állomány az egyetem megalapításáig. A tematikai változás mellett a legszembetűnőbb folyamat, hogy még az előző időszak viszonylag gyors beszerzéseihez (néha csak három-négy év) képest is meggyorsult a könyvtár gyarapítása. A szerzők és a téma szerint ismét csoportosíthatunk. A nagyszombati kollégium első szakaszában (1615-1632) a jezsuita szerzők válnak dominánssá. Az iskola egy-két éves késéssel szerezte be a - valamennyi európai jezsuita könyvtárban megtalálható - legfontosabb műveket: Juan Maldonado (1534-1583) spanyol teológus a négy prófétához (Jeremiás, Báruch, Ezéchiel, Dániel) írott kommentárját, Léonard Leys (1554-1623) németalföldi teológus az Antikrisztusról szóló értekezése, André Schott (1552-1629) németalföldi retorika tanár Francesco Borgia-életrajzát a harmadik rendfőnökről, Héribert Rosweyde németalföldi egyháztörténész jogi munkáját (Lex Talionis), Pedro Ribadeneyra (1527-1611) spanyol tanár Diego Laínez-életrajzát a második rendfőnökről, a francia Cicero-nak nevezett Louis Richeome (1544-1625) művét a hugenottákról Marcellin Bompar latin fordításában, Adam Tanner (1571-1632) német teológus Aegidius Hunnius evangélikus teológus elleni vitairatát a regensburgi kollokviumon (1601). A másik, kisebb csoportot a magyar szerzők művei jelentik: Pázmány Péter Keresztény felelet illetve Az igazságnak győzedelme munkája, Janus Pannonius versei Zsámboki János híres kiadásában, s végül Balásfy Tamás (1580-1625) pécsi püspök Csepregi iskola című katolikus vitairata. A középkori szerzők munkáihoz a jezsuita rend - talán nem véletlenül - régi, 15. század végi vagy 16. század eleji kiadásokban, jutott hozzá, mint például Petrus Lombardus szentenciái (Nürnberg, 1500), Nicolaus de Lyra kommentáraival ékesített Biblia négy kötetben (Nürnberg, 1487), Szent Jeromos episztolái (Lyon, 1518), Alcuin homiliái (Lyon, 1520), Petrus Comestor világtörténete (Strassburg, 1503). Ezek a régi kiadások - egy kivétellel - a jezsuita beszerzés előtti évtizedekből több tulajdonosi bejegyzést is tartalmaznak. Az antik auktorokat ebben az időszakban egy-egy Juvenalis, Vergilius, Cicero, Quintilianus, Aulus Gellius, spanyol nyelvű Ovidius, és egy szép kiadású Aristoteles képviseli Franciscus Vatablus, kiváló francia humanista interpretálásában. Érdemes még megemlíteni az Újvilág és egyéb távoli országok leírásának viszonylag korai, bázeli kiadását (1532). Simon Grynaeus német filológus gondozásában jelent meg, aki Melanchthon barátjaként például a budai iskolában is tanított rövid ideig. Bázelben a görög nyelv tanára lett, s részt vett az első helvét hitvallás szerkesztésében is. A válogatott szöveggyűjteményben - többek között - érdekességeket olvashatunk Etiópiáról, Perzsiáról, Indiáról, a Szentföldről, a tatárok országáról, és az oroszokról. A szerzők között megtalálhatjuk Amerigo Vespuccit, Marco Polot és Paulus Joviust.

Az egyetem alapítása előtt három évvel elkészítette Némethi Jakab a jezsuita kollégium ma is meglévő katalógusát. Mivel a most is megtalálható 1632-es beszerzések között gyakran lelünk 15-16. századi nyomtatványokat, feltételezhető, hogy inkább könyvtárrendezéssel egybekötött katalogizálás történt, s nem a friss beszerzéseket jegyezte be Némethi. Lehet, hogy valamilyen nagyobb hagyatékból kerültek a kötetek a jezsuiták tulajdonába, ám nem kizárt, hogy az arra az évszázadra is jellemző rendetlenség következtében volt kénytelen a könyvtáros katalogizálni illetve, újrakatalogizálni az állományt. Elég utalni arra a megállapításra, amit alig hat évtizeddel később Szentiványi Márton tett, amikor bírálva az előző katalógus hiányosságait, említést tett azokról a könyvekről, amelyeket nem katalogizáltak, illetve azokról a kötetekről, amiket katalogizáltak ugyan, de időközben elvesztek. S akkor még nem számoltunk azokkal a kötetekkel, amelyek katalogizálás nélkül tűntek el ezekben az évtizedekben, valószínűleg örökre. Majdnem egy évszázaddal később az 1773-as inventárium összeírói megjegyezték, hogy a rendetlenség miatt az Egyetemi Könyvtárban majdnem 2000 kötet feküdt a földön.

Némethi által katalogizált régi kiadások között az ősnyomtatványok domináltak: több Biblia-kiadást, Szent Ágoston, Petrus Tartaretus, Baptista de Salis, Jacobus Wimpheling és IX. Gergely pápa Decretálisa. Az antik szerzők közül, talán nem meglepő módon, a 16. század közepén megjelent kritikai apparátussal ellátott munkákat szerezték be. Ilyen volt Aristoteles műve Angelus Politianus olasz humanista értelmezésében, Claudius Galenus összes munkája, Aesopus meséi olaszul, Cicero beszédei, Porphyrius Aristoteles-kommentárja. A későbbi nyomtatványok között találjuk Johannes Kepler híres "Astronomia nova" című munkáját és Justus Lipsius összes művét egy kötetben. Hosszú utat járt be az a asztrológiai nyomtatványokat tartalmazó kolligátum, amely valamikor Johannes Dantiscus lengyel humanistáé volt. A könyv a warmiai püspök halála után néhány évtizeddel Báthory András könyvtárába került, s valószínűleg elvitte magával végzetes erdélyi útjára is, amikor készült átvenni a trónt Báthory Zsigmondtól. A kötetben megtalálható Háportoni Forró Pál történetíró egy alkalmi költeménye is, aki viszont Báthory András költségén tanult a braunsbergi jezsuita szemináriumban. Több költeményét pártfogójának ajánlotta. Nem kizárt, hogy Nagyszombatba, ahol testvére Forró György is lakott, éppen az ő révén került a jezsuita kollégium könyvtárába még 1632 előtt. A valamikor hét tagból álló könyvet megcsonkították, ma már csak négy mű található benne. A csonkítás Némethi katalogizálása után történhetett, mert a katalógusba még mind a hét művet leírta részletesen. Így sikerült rekonstruálni a kötetet.

Ismert, hogy a könyvtár már az egyetem alapításától, s azóta folyamatosan napjainkig helyhiánnyal küszködött. Az 1688-ban elinduló nagyszabású építkezésekkel függött össze a Szentiványi Márton és Sennyey László rektor könyvtárrendezése. A könyvtár szervesen illeszkedett az 1635-ben alapított felsőoktatási intézmény teljes szerkezetében, csakúgy, mint az egyes karok, az 1669-ben létrehozott jogi-, illetve a száz évvel később alapított orvosi kar, a nemesi kollégiumok, a csillagvizsgáló és az egyetemi oktatást is kiszolgáló nyomda. 1761-ben szentelték fel ünnepélyes keretek között az újabb könyvtárhelyiséget, ahonnan a bibliotékát a rend feloszlatása után négy évvel, 1777-ben Budára költöztették. A jezsuita rend hatékony könyvtárpolitikájának köszönhetően a 18. század végére több mint 15 ezer kötetre növekedett az állomány. A könyvtárral szorosan együttműködő nyomda saját kiadványaiból mindig biztosított példányt az alacsony fejlesztési költségek ellensúlyozására. A gyarapítás céltudatosságát érdemes kiemelni, hiszen az alapvető munkákat több kiadásban szerezték be, s törekedtek arra, hogy a sorozatok (Acta Sanctorum) és a több kötetes munkák is hiánytalanul kerüljenek fel a raktár polcaira. Az eddigi elemzések azt mutatják, hogy a rend általános irányvonala mellett az egyes tudományos irányzatok (newtoni fizika), illetve a nevezetes tanárok (Pray György) hatása mellett Mária Terézia által szorgalmazott oktatási reform (1753) hatása is kimutatható.

A jezsuita rend 1773-as feloszlatása után az egyetem és vele együtt a könyvtár állami intézménnyé vált. A Magyar Királyi Egyetem új székhelyeként a központi fekvésű és történelmi múltú Buda látszott a legalkalmasabbnak. A költözéssel párhuzamosan egy másik - nem kevésbé bonyolult - gonddal néztek szembe: a feloszlatott rendházak könyvanyagát vették leltárba, s a nagyszombati anyaggal együtt az új helyére szállították. Nem sokáig maradt a budai várban a könyvtár, 1784-ben Pestre, a Barátok terén álló ferences zárda mellé költözött a rendfeloszlatások során keletkezett óriási könyvmennyiséggel. A 18. század végére becslések szerint 22 ezer kötetes lehetett ez az állomány, amelynek a nagy része a föloszlatott pálos, kamalduli, trinitárius, ferences, szervita, premontrei, domonkos, ciszter, kapucinus és egyéb rendi gyűjteményből került könyvtárunk raktáraiba. Az állomány gyarapítására a szűkös anyagi helyzet miatt az 1780-ban megkapott kötelespéldány-szolgáltatás biztosított elvileg lehetőséget, amelyet visszatetsző módon még az Egyetemi Nyomda sem tartott be. A 18-19. század beszerzéseinek az 1790-es általános cenzúra-rendelet szabott gátat, amely az időszerű politikai helyzetnek megfelelően hol szigorodott, hol enyhült.

Lezárult az ősállomány feltárásának harmadik szakasza. Történetének két alapvető forrása, az 1632-es és az 1690-es könyvtári katalógus megjelent nyomtatásban. Elkészült a gyűjteményt reprezentáló multimédiás on-line adatbázis, amely a könyvészeti leírások mellett és az egyedi jellegzetességek feltárásán túl, bemutatja az egyes könyvek címlapjait is. Az elkövetkezendő évben az újonnan létrehozott Régi Nyomtatványok Osztályának munkatársai összeszedik majd a különböző állományegységekből az osztály gyűjtőkörébe tartozó 16-17. századi nyomtatványokat, s remélhetőleg a tervszerű raktármozgatásból, illetve a kiadott katalógusok segítségével továbbgyarapíthatjuk a magyar művelődéstörténet egyik legbecsesebb gyűjteményét. Távolabbi tervek között szerepel, hogy a fővárosi és hazai könyvtárak állományából ismert és még megbúvó antiquissimák feltárása mellett a már feltérképezett nagyszombati, vágsellyei, pozsonyi, turócszentmártoni és kolozsvári bibliotékák állományát is átnézzük.